350 件の論文
進化生物学は、生命がどのように時間とともに変化し、多様な姿を形成してきたかを解き明かす分野です。遺伝子の働きから種間の関係まで、過去の証拠と現在の観察を結びつけることで、私たちの存在のルーツに迫ります。
Gist.Science は、bioRxiv から投稿される進化生物学の新しいプレプリントをすべて収集し、専門用語を噛み砕いた解説と、技術的な詳細をまとめた要約の両方をご用意しています。これにより、専門家だけでなく広く一般の方々が、最先端の研究成果をスムーズに理解できます。
以下に、進化生物学の最新プレプリントの一覧をご紹介します。
本論文は、従来のAICおよびBIC手法と比較して、より少ないパーティション数で系統推定の精度を向上させる、より効率的なパーティショニングスキームを選択するために周辺赤池情報量基準を利用する、IQ-TREE 3の新機能であるPartitionFinder-mAICを紹介するものである。
126種の霊長類における収斂的なアミノ酸置換を分析することにより、本研究は長寿とオスとしての生殖能力との間の有意な遺伝的関連性を特定し、オスの生殖生物学に関連する遺伝子が寿命の進化における主要な原動力であることを明らかにしている。
本研究は、*Capsicum*および*Arabidopsis*のゲノムにおいて、NLR DNAコピー数の拡大が予測されるコーディング領域が保持されたコピーの蓄積を上回っていることを示しており、正確な免疫遺伝子レパートリー解析のためにコピー数と併せてコーディング状態を考慮することの重要性を浮き彫りにする、一貫した劣線形スケーリング関係を明らかにしている。
本論文は、大陸・島嶼モデルにおいて多遺伝子的な分化選択がゲノムの分化パターンや生殖隔離をどのように形成するかを予測するために、有効移動率に基づいた新たな分析枠組みを開発・検証し、遺伝子流動の障壁となる遺伝構造を推論するための改良された手法を提示するものである。
本論文は、系統樹を活用することで、SARS-CoV-2、インフルエンザ、デング熱を含む複数の病原体にわたり将来のウイルス変異を正確に予測し、それによってパンデミックへの備えと治療法の開発を強化する機械学習モデルであるantiGenを紹介するものである。
本研究は、非レベル1系統ネットワークにおけるSNaQの性能を評価し、それが重複する網状進化の正確なトポロジーを復元することはできないものの、円環的なタクソン順序や互換性のあるツリー・オブ・ブロブ構造を確実に推論できることを明らかにしており、複雑で重複する進化史よりも強力な網状進化シグナルを優先する保守的な正則化器として効果的に機能していることを示している。
本研究は、新しいPythonライブラリ「treeshapy」を用いて4,500万本以上の実証的な系統樹に対する54種類の系統樹形状指標の大規模な評価を提示し、将来のより慎重かつ効果的な系統樹形状解析を導くための、根への感受性、サイズ依存性、および指標の冗長性といった重大な落とし穴を明らかにしている。
本研究は、変分オートエンコーダーがエピスタシス相互作用をモデル化する潜在性を有しているにもかかわらず、デコーディング過程における固有の情報損失によって祖先配列を正確に再構成することが妨げられており、標準的な尤度法や節約法に一貫して劣ることを示している。
著者らは、遺伝学的、分布域、および古地理学的データを統合して、化石を用いることなく分岐年代、祖先領域、および多様化速度を同時に推定するベイズ統計学的系統解析フレームワークであるTimeFIGを導入し、島の隔離と年齢がハワイイ科の*Kadua*の放射進化のダイナミクスを駆動していることを明らかにした。
本研究は、Sicyoidochytrium minutum DNAウイルスおよび関連する配列の発見に基づき、独自の複製・転写機構を喪失したことによる宿主核依存的な複製および転写への特異な進化過程を示すことから、Megaviricetes綱内における新たな目であるAriadnaviralesの設立を提案するものである。