From divergence to contact: demographic history and genomic context shape introgression across independent damselfly hybrid zones
スペインにおける3つの独立したヤンマの交雑帯のゲノム解析により、交雑帯の地理的異質性は個体群の歴史的接触時期によって説明される一方、X染色体の構造や遺伝子機能レベルでは再現性のある制約が働くことが示されました。
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evolutionary biology
448 件の論文
Phenotypic Variation Reveals Contrasting Ecological Strategies in Wood-Decay Fungal Ecotypes Across a Hybrid Zone
この論文は、フェンノスカンディアに分布する木材腐朽菌*Meruliopsis taxicola*の 2 つの生態型（大陸型と沿岸型）が、それぞれ競争力とストレス耐性という対照的な生活史戦略を示す顕著な表現型分化を有し、その交雑個体は親の生態型に対して中間的な成長反応を示すことを明らかにしたものである。
Computing coalescence rates for complex demographies and sampling configurations
本論文では、任意のサンプリング構成における最初の共祖率と交差共祖率を計算し、微分可能な新しい統計量「demestats」を提案することで、従来のペアワイズ共祖率よりも最近の人口動態や移動を高精度に推定できることを示しています。
Beyond Invariable Sites: Using Evolutionary Stasis to Map Multi-Layered Constraints on the Evolution of Viral and Mammalian Genomes
本研究は、進化的な停滞（Stasis）を利用した階層的ベイズ枠組み「B-STILL」を開発し、従来の手法では検出が困難だったウイルスおよび哺乳類ゲノムにおける極端な浄化選択のシグナルを解明し、既知の機能ドメインや未特徴の構造モチーフを含む新たな生物学的制約マーカーを同定したことを報告しています。
Transgenerational inheritance is variable across Caenorhabditis worms
本研究は、病原菌回避の形質が親から子へ伝わる現象（世代間遺伝）が、線虫属（*Caenorhabditis*）の 5 種すべてに普遍的に存在するのではなく、種によってその有無や生存への利益が異なる種特異的な反応であることを初めて示しました。
Evolutionary branching of male emergence timing: Trade-offs and variance asymmetry as drivers of dimorphism.
この論文は、適応動態モデルを用いて、競争力と出現時期のトレードオフおよび性間の出現時期の分散非対称性が、メスの出現時期に多型（早期出現の小型個体と後期出現の大型個体の共存）を進化的分岐を通じて生み出すメカニズムを解明したものである。
Predicting the antigenic evolution of seasonal influenza viruses using phylogenetic convergence
この論文は、系統樹における収束進化の分析を用いて、インフルエンザウイルスの抗原性進化を駆動するアミノ酸置換を予測し、ワクチン株の選定に役立てる手法を提案しています。
Effects of management on global crop pest damage depends on coevolutionary indicators
この研究は、害虫と作物の進化的能力（ゲノムサイズや野生近縁種の近接性など）の指標が、農薬や肥料などの農業管理の効果を左右し、収量損失の程度を決定づける重要な要因であることを明らかにした。
Morphological and functional characterization of the ptychocyte, a stingless stinging cell
この論文は、管イソギンチャク（Ceriantheopsis americana）の刺胞（特に管形成に特化したピュチオサイトと捕食・防御に用いられるネマトサイト）の形態・機能・分布を詳細に調査し、両者の発射速度の違いが系統分岐後の進化的適応によるものであることを明らかにすることで、刺胞の多様性がどのようにして生じたかを再構築しようとしたものである。
Phylogenomics of free-living neobodonids reveals they are a paraphyletic group from which all other metakinetoplastids are descended
本論文は、11 種の自由生活性ネオボドニドのトランスクリプトームデータを用いた系統ゲノム解析により、ネオボドニドが単系統群ではなく、他のすべてのメタキネトプラスト目を派生させた側系統群であることを初めて明らかにした。
Local Adaptation of the Spontaneous Mutation Rate: Divergent Thermal Reaction Norms in Chironomus riparius
この論文は、キバエ属（Chironomus riparius）の集団間において、気候変動に対する突然変異率の反応規範が局所適応によって分化しており、高緯度地域では可塑性が高く、地中海地域では温度変化に対して頑健であるという証拠を示し、分子時計や気候変動予測における突然変異率の一定性という仮説に疑問を投げかけています。
Dissetangling the Vine: Phylogenomics and Historical Biogeography of Vanilla (Orchidaceae)
本論文は、349 個の低コピー核遺伝子と 76 個の葉緑体遺伝子座を用いた網羅的な系統ゲノム解析により、バニラ属の系統関係を再構築し、不完全な系統分岐や交雑による遺伝子種樹の不一致を解明するとともに、南米ギアナ楯を起源とする約 3,000 万年前からの生物地理学的拡散と多様化の歴史を明らかにしたものである。
Spectral requirements for cooperation
この論文は、集団構造を記述する相互作用演算子の最大固有値を用いたスペクトル存在基準（λmax b > c）を導入し、協力進化の条件を統一的に記述するとともに、包括適応度と進化動態の役割に関する長年の議論に光を当てている。
Gene-level complexity explains genome-wide variation in the distribution of fitness effects
本研究は、マウス、ショウジョウバエ、酵母のゲノムデータを用いた機械学習解析により、生物個体レベルではなく「遺伝子レベルの複雑さ（発現量や連結性など）」が適応度効果分布（DFE）の変動を説明する主要な要因であることを明らかにしました。
Evolution of ion channels in the water-to-land transition of vertebrates
本研究は、脊椎動物の水生から陸生への進化において、イオンチャネル全体の割合は保存されている一方で、TRP や HCN などの特定の遺伝子ファミリーが正の選択を受けたり遺伝子収支が変化したりしたことが、陸上生活への生理的適応に決定的な役割を果たしたことを明らかにした。
Diverse gene ancestries reveal multiple microbial associations during eukaryogenesis
本研究は、高度な系統ゲノム解析を用いて真核生物の起源を再考し、ミトコンドリアの共生以前から多様な細菌からの水平伝播が複数回起こり、さらにヌクレオサイトロウイルスが関与した可能性を示すことで、真核生物の誕生が複雑な微生物生態系における一連の共生と遺伝子交換の過程であったことを明らかにしました。
Phylogenomics of Asgard archaea reveals a unique blend of prokaryotic-like horizontal transfer and eukaryotic-like gene duplication.
本論文は、アスガルド古細菌のゲノム拡大が水平遺伝子移転ではなく遺伝子重複によって主に駆動されていることを明らかにし、原核生物的な移転と真核生物的な重複という独特の進化パターンが真核生物の起源を理解する上で重要であると結論付けています。
The shape of fitness functions and the distribution of mutational effect sizes jointly limit adaptation by regulatory mutations
本論文は、酵母の 5-フルオロシトシン耐性獲得において、プロモーター変異が単独では適応に寄与できないのは、発現量に対する適応度の関数形状が野生型付近で平坦であり、かつ単一変異では発現量を大幅に低下させることができないという、変異効果の分布と適応度関数の形状の両方による制約の結果であることを示している。
Geographical gradients in leaky sex expression and reproductive effort in a dioecious plant are consistent with selection during range expansion
ヨーロッパにおける雌雄異株植物の分布拡大に伴い、繁殖保証の選択圧により、分布縁辺部の個体群で「漏れ性」の性表現や生殖努力が増加することが示された。
Pareto fronts reveal constraints on the evolution of niche-determining traits in phytoplankton
この論文は、パレートフロンティア解析を用いて、微細藻類において成長率とニッチ決定形質の同時最適化を制限する進化的制約（トレードオフ）が存在し、それが種内および種間の多変形質の進化経路に普遍的な限界を課していることを実証しています。